Allianskyrkan följer sina historiska rötter tillbaka till möten på 1850-talet hemma i AP Anderssons barndomshem på Skärsjö, där hans far Anders Isaksson bjöd in predikanter från Jönköpings Missionsförening (nuvarande Svenska Alliansmissionen).

1878 invigdes ett missionshus i Aneby på Gamla Vägen. Församlingen växte och utökade sin verksamhet och 1958 stod den nuvarande Allianskyrkan vid Jönköpingsvägen klar.

Under somrarna flyttar församlingen sin verksamhet till sommarkyrkan vid Stalpet.