Stationsamhället Aneby växte fram i skärningspunkten mellan fyra socknar. Huvuddelen kom dock att ligga i Bredestads socken. Likt många andra nygrundade samhällen längs stambanor, som avsiktligt dragits i obygden, dröjde det innan statskyrkan byggde sig en kyrka i Aneby. Det att dröja till 1953 innan municipalsamhället fick en statskyrkekyrka.
I motsats till statskyrkan etablerade sig flera frikyrkor tidigt. Allianskyrkans föregångare byggde ett missionshus redan 1878. Samhällets starke man var även aktiv inom flera frikyrkor, vilket medförde att statskyrkan kom att spela en svagare roll i samhällets utveckling än på många andra håll.
Det fanns dock en man i samhället som vigde sitt liv till att få statskyrkan etablerad. Det var överläkaren Rundström som under decennier arbetade för detta mål, bland annat med en årlig insamlingsfest. Till slut kunde Rundström glädja sig åt att ett kyrkobygge inleddes. Rundström själv fick äran att ta det första spadtaget 1953.
Anebys kyrka är därmed en jämförelsevis ny byggnad. Församlingen växte ur kyrkan och en åttkantig tillbyggnad stod färdig 1997. Tillbyggnaden innehåller kyrkosalen och gamla kyrkodelen fungerar som församlingshem. Med utbyggnaden byggdes även en dopgrav, något som är mycket ovanligt för kyrkor inom Svenska kyrkan.
Kyrkan ligger inom Aneby pastorat som inbegriper Aneby församling, Askeryds församling, Frinnaryds församling, Lommaryds församling och Haurida-Vireda församling.
